據"主計處"資料，去年第四季臺灣進出口出現衰退，尤其12月幅度高達4成以上，各港務局貨量也下滑，高雄港全年貨櫃量967萬多TEU，比前年1025萬TEU下滑約6%；基隆港去年全年貨櫃量為205萬TEU，比前年221萬TEU降7.23%；台中港貨櫃量從前年的124萬7000多TEU降為去年的123萬TEU，小跌0.67%。
不過，直航因解除船舶須彎靠第三地的限制，業者估計運輸成本平均節省1成5至3成，比較去年12月15日直航前後營運情形，無論是船舶往來艘次、貨櫃量都有增加。台"交通部"說，如果兩岸沒有直航，去年各港口營運衰退幅度會更大，金融海嘯中還是看得到兩岸直航商機。
若以去年12月1日到14日與15日到31日相比，高雄港兩岸船舶往來從130船次增加為175船次，成長34% ；貨櫃量從13萬7000多TEU增加為16萬4000多TEU，成長20%。
基隆港兩岸船舶往來從319船次增加為388船次，成長21%；貨櫃量從6萬2000TEU增加為7萬6000TEU，成長22% 。台中港兩岸船舶往來從18船次增加為54船次，成長幅度達200%，貨櫃量從3231TEU增加到6887TEU，成長113%。
基隆港、台中港及高雄港也看到直航可能為港口帶來商機，港務局扮演的角色不再只是單純服務航商，還要主動出擊尋找貨主。
基隆港務局長蕭丁訓去年考察珠江流域，距離東莞很近的虎門港及南沙港，今年1月再赴長江流域的太倉港，除瞭解當地台商產業狀況，也探詢與大陸港口合作可行性，希望利用直航機會，爭取大陸內河港的貨物集中到基隆港出口。
台中港自兩岸直航後，積極推動中部水果銷往大陸，1月6日來自雲林的120公噸柳丁從台中港運到廈門港，1月12日又有240公噸柳丁同樣從台中港出發，目的地是廈門港。
台中港務局正努力規劃與廈門港、福州港策略聯盟，讓台中港成為中部農產品銷大陸的發貨中心，近期將派人到廈門、福州考察通路，並邀請中部地區農會開會，希望除水果外，中部的米或其他農產品也能銷往大陸。
高雄港是臺灣最大的國際港，因潮差只有75公分，大陸航商來臺灣考察港口時，相當讚賞高雄港的天然條件，高雄港興建中的第六貨櫃中心已吸引中遠集團投資興趣，高雄港規劃與大陸合作的港口多達28個。
雖然金融海嘯無法讓港口的直航效益在短時間內充分發揮，但各港口都相信，兩岸港口合作絕對可以創造未來港口發展商機。
